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实验进行前，无菌室及无菌操作台以紫外灯照射30-60分钟灭菌，以70%的酒精擦拭无菌操作抬面，并开启无菌操作台风扇运转10分钟后，才开始实验操作。
小心取用无菌之实验物品，避免造成污染。勿碰触吸管尖头部或是容器瓶口，亦不要在打开之容器正上方操作实验。容器打开后，以手夹住瓶盖并握住瓶身，倾斜约45°角取用，尽量勿将瓶盖盖口朝上放置桌面。
工作人员应注意自身之安全，须穿戴实验衣及手套后才进行实验。对于来自人类或是病毒感染之细胞株应特别小心操作，并选择适当等级之无菌操作台(至少ClassII)。操作过程中，应避免引起气溶胶类物质的产生，小心毒性药品，例如DMSO及TPA等，并避免尖锐针头之伤害等。接种针每次使用前后，应该通过火焰灼烧灭菌，待冷却后，方可接种培养物。
无菌操作工作区域应保持清洁及宽敞，必要物品，例如试管架、吸管吸取器或吸管盒等可以暂时放置，其它实验用品用完即应移出，以利于气流之流通。实验用品以70%的酒精擦拭后才带入无菌操作台内。实验操作应在抬面之无菌区域，勿在边缘的非无菌区域操作。使用无菌瓶内的溶液是，不可将无菌敷料堵塞瓶口倾倒无菌溶液，或直接伸入溶液瓶内蘸��，以免污染剩余的溶液。每次操作过程中，均应做阴性对照，以检查无菌操作的可靠性。如有菌液洒在桌上或地上，应立即用5%石碳酸溶液或3%的来苏尔倾覆在被污染处至少30分钟，再做处理。工作衣帽等受到菌液污染时，应立即脱去，高压蒸汽灭菌后洗涤。
无菌包内物品不慎污染或无菌包浸湿，外界微生物可渗入包内，造成污染，需重新消毒。凡带有活菌的物品，应该经消毒后，才能在水下冲洗，严禁污染下水道。吸取菌液时，应该用吸耳球吸��，切勿直接用口接触吸管。带有菌液的吸管，试管，培养皿等器皿应浸泡在盛有5%来苏尔溶液的消毒桶内消毒，24小时后取出冲洗。
戴手套时应注意未戴手套的手不可触及手套外面，而戴手套的手则不可触及未戴手套的手或另一手套的里面。戴手套后如发现破裂，应立即更换。脱手套时，须将手套口翻转胶下，不可用力强拉手套边缘或手指部分，以免损坏。实验完毕后，将实验物品带出工作台，以70%的酒精擦拭无菌操作抬面。操作间隔应让无菌操作台运转10分钟以上后。
总的来说，实验室装修不是普通的工装装修，有自己特定的标准和规范，无菌室设计装修有很多细节需要注意，在装修中应该综合考虑实验室整体规划合理布局。当前无菌室多存在于微生物工厂，一般实验室则使用超净台。超净台其主要功能是利用空气层流装置排除工作台面上部包括微生物在内的各种微小尘埃。通过电动装置使空气通过过滤器具后进入工作台面，使台面始终保持在流动无菌空气控制之下。而且在接近外部的一方有一道高速流动的气帘防止外部带菌空气进入。随着实验室装修水平的提高，实验室工作人员对设计的要求越来越高，